Hola Felipe, Me alegro que funcionase. Así, sin pensarlo mucho, se me ocurre que debe de ser algún problema en la JRE. Puede que tengas varias y la que intentaba gastar el .exe puede estar 'rota'.
Echa un ojo a la ventana de 'Acerca de..' para ver que versión de JRE estás usando para ejecutar gvSIG (que por defecto es la que se ha utilizado para ejecutar el jar de la instalación...